Ministerstwo Finansów oraz podległe mu urzędy skarbowe i celne nie wypracowały wspólnej metody kontrolowania internetowej działalności gospodarczej. Nie ma systemu wyznaczania, przeszukiwania i monitorowania obszarów potencjalnych nadużyć. W opinii NIK, to Ministerstwo Finansów, jako odpowiedzialne za realizację dochodów z podatków i nadzór nad kontrolą skarbową, powinno najmocniej angażować się w porządkowanie obszaru e-handlu. Tymczasem urzędy skarbowe i urzędy kontroli skarbowej, które podejmują próby ściągania należności, nie mają wystarczającego oparcia w przepisach prawa.
Działania legislacyjne, podejmowane przez ministerstwo zakończyły się połowicznym sukcesem: znowelizowano ustawę skarbową. Wciąż nie wprowadzono jednak zmian w ordynacji podatkowej, umożliwiających szybką i skuteczną identyfikację podatników działających w internecie. Najwcześniej problemem handlu internetowego zajął się Departament Kontroli Skarbowej Ministerstwa. Jednak, jak zauważają kontrolerzy, kontrola e-handlu została wpisana do priorytetów kontroli skarbowej dopiero na 2008 i 2009 rok, a prowadzenie stałego monitoringu w wybranych branżach zlecono urzędom dopiero w połowie 2009 roku. Fiaskiem zakończył się także proces wprowadzania przez ministerstwo Informatycznego Systemu Wspomagania Kontroli Skarbowej. Pomimo iż w ciągu ośmiu lat (od 2002 r.) przeznaczono na niego 43 mln złotych – do dnia zakończenia kontroli system nie działał.
Służby skarbowe i celne podejmują doraźne akcje w oparciu o samodzielnie tworzone programy wyszukiwawcze. NIK odnotowuje stały, znaczący wzrost liczby prowadzonych kontroli. W przypadku urzędów kontroli skarbowej kontrole e-handlu stanowiły 1,2% wszystkich kontroli w 2007 roku, w 2008 – blisko 2%, a w I połowie 2009 już niemal 3%. Najsłabiej w tym zestawieniu wypada Służba Celna. Zaledwie jedna izba, spośród pięciu skontrolowanych, podejmowała kontrole e-handlu (Izba Celna w Olsztynie).
Urzędy, które podejmują działania, napotykają na dwa zasadnicze problemy: brak odpowiedniego sprzętu komputerowego i nieograniczonego dostępu do internetu –
aż 12 z 14 kontrolowanych urzędów skarbowych korzystało z łącza MF o ograniczonej przepustowości, uniemożliwiającego swobodne przeszukiwanie stron (kontrolerzy odnotowali przypadki wykorzystywania prywatnych łączy urzędników do wykonywania obowiązków służbowych) oraz ograniczenie dostępu do danych pozwalających zidentyfikować osoby zaangażowane w e-handel: zdarzały się przypadki odmowy udostępnienia informacji przez portale aukcyjne (np. Allegro) oraz podawania fałszywych danych przez prowadzących handel. Problem ten występował we wszystkich skontrolowanych urzędach skarbowych.
Brak definicji, precyzującej pojęcie e-handlu uniemożliwia ustalenie jego rzeczywistego obszaru. Potoczne rozumienie ogranicza e-handel do transakcji w sklepach internetowych oraz na portalach aukcyjnych. W rzeczywistości jest to obszar znacznie szerszy, obejmujący wiele usług elektronicznych m.in. tworzenie i utrzymywanie witryn internetowych, dostarczanie oprogramowania, a także gry losowe. Ważne jest, żeby nowe regulacje, o które NIK wnioskuje nie ograniczały e-handlu, ale likwidowały „szarą strefę” oraz eliminowały możliwość ukrywania dochodów, obejmując możliwie najszerszy obszar, a nie jedynie najprostsze do wykrycia transakcje na portalach aukcyjnych.
Najwyższa Izba Kontroli wspólnie z Ministerstwem Finansów dokonała analizy ryzyka wystąpienia nieprawidłowości w grupie 607 podmiotów zajmujących się handlem internetowym. Analizy tej dokonano pod kątem: rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania, prawidłowości obliczania i wpłacania podatków lub innych należności pieniężnych budżetu państwa, stwierdzenia niezgłoszonej do opodatkowania działalności gospodarczej, a także dochodów nieznajdujących pokrycia w ujawnionych źródłach przychodów. Wynikiem tych działań było wytypowanie 92 podmiotów o największym prawdopodobieństwie występowania nieprawidłowości. Następnie NIK zleciła pięciu UKS i 14 US (wszystkim objętych niniejszą kontrolą NIK) przeprowadzenie (na podstawie art. 12 pkt 3 ustawy o NIK) kontroli prawidłowości wywiązywania się przez ww. podmioty z obowiązków wynikających z prawa podatkowego.
Do dnia 31 grudnia 2009 r. UKS i US zakończyły kontrole u 72 podatników (78% zleconych). Kontrole u pozostałych 15 podatników (16,3%) były kontynuowane, od kontroli pięciu podatników (5,4%) odstąpiono, w tym u trzech, których miejsca pobytu nie zidentyfikowano i u dwóch, przebywających za granicą. Z ustaleń zakończonych kontroli wynika, że u 54 podatników (75%) stwierdzono nieprawidłowości, polegające na: prowadzeniu niezarejestrowanej działalności gospodarczej, zaniżaniu przychodów poprzez nieewidencjonowanie przez przedsiębiorców całości lub części sprzedaży prowadzonej przez internet, nieuiszczaniu należnych podatków czy posługiwaniu się kontami internetowymi innych osób i użyczaniu kont internetowych osobom prowadzącym sprzedaż przez internet.
Największą grupę spośród podatników nieujawniających (prowadzących działalność bez zgłoszenia) lub nieewidencjonujących przychodów (przedsiębiorcy ukrywający przychody), stanowią podatnicy o przychodach w zakresie od najniższych do około 400 tys. zł. Od tej granicy udział ww. podatników utrzymuje się mniej więcej na tym samym poziomie, tzn. ok. 2,5%. Prawie co czwarty podatnik, osiąga przychody w wysokości nie większej niż 100 tys. zł.
Podobnie wśród podatników, u których stwierdzono uszczuplenia finansowe, największy udział stanowią ci, których należności podatkowe są stosunkowo niewielkie. W tym przypadku, począwszy od kwoty ok. 60 tys. zł należności podatkowych, udział podatników nie zależy od wartości uszczupleń i oscyluje w granicach 5 – 7,5% tej populacji podatników.
Analiza wyników zleconych kontroli nasuwa wniosek, że wśród znacznej części osób prowadzących handel za pośrednictwem internetu (badania w większości dotyczyły sprzedaży na aukcjach internetowych), istnieje przekonanie o dużej anonimowości. W związku z tym w znacznych rozmiarach występuje zjawisko prowadzenia niezarejestrowanej działalności gospodarczej przez osoby fizyczne lub nieewidencjonowania przez mniejszych przedsiębiorców części uzyskiwanych przychodów. Ponadto, mimo że jednostkowa kwota nieujawnionych podatków na osobę lub przedsiębiorcę nie jest zbyt wysoka, biorąc pod uwagę dużą ich liczbę (oraz przewidywany wzrost), w sumie utracone wpływy budżetowe mogą stanowić znaczącą kwotę.