źródło: www.sxc.hu
Jeśli podatnik, który złożył zeznanie posiada zaległości podatkowe, to nadpłata wraz z przypisanym do niej oprocentowaniem podlega zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości. W związku z potrąceniem nadpłaty wydawane jest postanowienie, na które służy zażalenie. Przyczyną opóźnienia w wypłacie nadpłaty lub jej niewypłacenia mogą być np. błędy w zeznaniu. Jeśli podczas sprawdzania deklaracji urzędnik doszuka się nieprawidłowości, zeznanie trzeba poprawić. Następstwem tego jest wydłużenie terminu na zwrot podatku. Zaczyna on biec od nowa, czyli kolejne 3 miesiące.
Inną przyczyną mogą być kary i mandaty. Podatnicy muszą się liczyć z potrąceniem nadpłaty o wartość mandatów, grzywien lub innych kar pieniężnych należnych organom administracji. Zanim nadpłata zostanie zwrócona, weryfikacji poddane będą zobowiązania podatkowe. Nadpłata również nie zostanie zwrócona, jeśli nie przekracza równowartości 8,80 zł. Jest to koszt upomnienia w postępowaniu egzekucyjnym. Kwota nadpłaty jest wtedy przekazywana na poczet przyszłych zobowiązań podatnika chyba, że zażąda jej zwrotu.
US nie zwróci nadpłaconego podatku, gdy podatnik z własnej inicjatywy zażąda na piśmie zaliczenia istniejącej nadpłaty na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych. Takie działanie zawsze się opłaca, gdy zobowiązanie powstaje zaraz po złożeniu deklaracji rocznej z tytułu podatku dochodowego. Nadpłata zostanie rozliczona natychmiast i nie jest konieczne oczekiwanie 3 miesięcy na zwrot podatku.
Zdarza się również, że nadpłata wynikająca z deklaracji nie jest zwracana ze względów formalnych. Taka sytuacja może się pojawić w przypadku, gdy zeznanie zawiera błędy, które trzeba poprawić. Inną przyczyną opóźnienia może być błędny numer konta bankowego podany przez podatnika.